由于地处热带,印尼终年炎热多雨,年平均气温为25-27℃,
海区表层流属风海流,表层水温周年基本保持在24-29℃。
印尼海域海洋生物多样性水平较高,
许多种类具有生长快、成熟早、生命周期短、产卵季节长等区域性特点。
印尼适宜的气候和水文条件蕴育着丰富的水产资源,
为渔业发展提供了有利条件。
印尼海域可捕捞的资源种类多达200余种,
具有较大经济价值的种类有65种左右。
其中主要的中上层资源种类有金枪鱼、马鲛鱼、鲐鱼、鲱鱼、沙丁鱼、鱿鱼等；
底层资源种类除石首鱼科鱼类、鲷类、鲨等；
还盛产对虾、热带龙虾、贝类等；
礁岩区资源种类主要是鲷类,如笛鲷、梅鲷等；
藻类资源丰富,据调查约有555种,可供食用或药用种类约55种，
目前已开发的主要类群有制胶藻类
如石花菜属、拟石花属、角叉藻类、蕨藻属、马尾藻属、石莼属等种类。
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