1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地，现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。
在教堂内有一墓穴，是1553年圣芳济各的临时墓地，
传说圣芳济各死后肉身不坏，荷兰人不信，起其尸体，斩其右手，血流如注，后人确信此事，
遂把他的尸体移葬在印度的果亚。
“圣保罗教堂”是马六甲市的象征，建在马六甲要塞的一座不高的山上，遥对浩渺无边、风光迷人的马六甲海峡。
山上山下观光的人流络绎不绝。由葡萄牙将军Duarte Coelho建立，
此教堂曾为荷兰人占领并将它变为一个贵族的墓园，并改名为圣保罗教堂，
它与圣地亚哥城堡同时建成，与城堡用的是同一种建材，也是欧洲人在东南亚修建的最古老的教堂。
几经战乱，现已面目全非。圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山。
