1957年8月，英国殖民者决定放弃对马来西亚的统治，将统治权移交给不包括马共在内的政党联盟，也是从1957年起，陈平率领的马共游击队继续与刚独立的马来亚联合邦（当时包括新加坡）政府展开了长达30年的内战。从1959年起，马共的军事力量不断被政府军打击削弱，各部队纷纷躲进邻近泰国南部的边境深山丛林里。 1960年，陈平逃到国外，开始了长达30年的流亡斗争生涯。1960年代起，尽管陈平身处异国，但还遥控指导马泰边境的马共游击队继续武装斗争，大量马国华人青年前往马共控制的马泰边区参加革命，使马共游击队由1967年的300-500人，在1969年迅速增加到1600人。1968年，马共在内部进行了大规模“内部清洗行动”，使至少200名成员被处决，给马共武装斗争带来了重大挫折。由于内部矛盾激化，1970年马共一度分裂为“马列派”、“革命派”及陈平领导的“中央派”，直到1980年初才走向统一。