大多数进口货物需缴付进口税，税率分按值计税和特定税率。
按值计税的进口税率介于2%－300%（已装配完成的汽车）之间。
近几年来，大部份原材料、零部件和机械设备的进口税已被取消。
但自从一九九七年下半年发生金融危机以来，马来西亚政府为压缩进口以减少外汇的开支，又调高了一些大型机械设备和高档消费品的进口税率，
其中豪华汽车整车的进口税率从200%提高到300%。
根据马来西亚承诺的东盟共同有效特惠关税方案，至2003年1月1日起，东盟其他成员国进入马来西亚的除汽车及零部件外的其他商品的进口关税减至0-5%。
出口税：马来西亚除对一些资源性商品的出口征收出口税外，通常对制成品的出口免征出口税。
马来西亚征收出口税的应税商品包括原油、原木、锯材和棕榈油等资源性商品。
