柬埔寨水运分为海运与河运。海运主要利用西哈努克港国际码头。
    河运主要利用金边港国际码头往湄公河、洞里萨河与洞里萨湖，有3条航线。
    西哈努克港是最主要的对外海港，临泰国湾，有2个泊位，水深各8.5米和6米，最多可停泊1万吨的船舶。
    现主要停靠经泰国、新加坡和香港转口的支线船，全年共处理进出口集装箱约38400TEU（平均每日处理约105TUE，具有激光检查集装箱系统）。
    金边港临湄公河，是最大的内河港口，只有1个泊位，雨季水深5.2米，旱季水深4.2米，最多可停泊5千吨的船舶。
    金边港2002年8月刚开辟其第1条国际集装箱航线（往西南，经湄公河通往越南胡志明市），
    到2002年底共处理进出口集装箱约571TEU，不具备激光检查集装箱系统。
    另从该港往北经湄公河可达老挝；往西北经洞里萨河、洞里萨湖到暹粒。