公元3~7世纪已建立起一些分散的奴隶制王国。5~6世纪,开展与中国贸易,并传入印度的佛教。
7世纪中期,苏门答腊东南部兴起室利佛逝王国,迅速发展为海上强国。
8~9世纪,夏连特拉王朝统治爪哇大部地区,修建婆罗浮屠陵庙等佛教建筑。
12世纪时中国商船直接与群岛进行贸易,使东爪哇港口日益繁荣。
1289年元世祖忽必烈曾出兵印度尼西亚。
1293年爪哇建立起麻喏巴歇王国,并把势力扩展到巴利岛、苏门答腊、婆罗洲等地。
13世纪末伊斯兰教进入印度尼西亚后获得广泛传播。
16世纪先后遭葡萄牙、西班牙和英国的入侵。
1596年荷兰人入侵后,于1602年成立了具有政府职权的“联合东印度公司”,对印度尼西亚进行长达350年的殖民掠夺。