随着中医药在印尼的不断自我完善和发展，印尼政府逐渐转变对中医药的看法，开始重视印尼土著的传统医药和中医中药的存在，并鼓励发展。
1992年9月17日，印尼国会通过第23号卫生法令，改变了1960年的第9号法令及其他法令。
其中第一项条文中的第七节及第十节均把传统医疗法及传统医药列为大众通用的医疗与医药（印尼卫生部通常把中医与中药列为传统医疗与医药的范围内）。
虽然传统医学（包括中医中药）的确为印尼的医疗事业作出了贡献，受到印尼人民的欢迎，也得到印尼政府的承认和重视，
但是，直到现在，印尼传统医药工作者（包括中医师和针灸师）都被归为巫医，不得在印尼医疗机构内行医。
只有获得现代医学学位的西医师，通过补习和培训传统医学知识，才能在医疗机构内推广和使用传统医学。
1999年10月，瓦希德总统执政以后，逐步废除了原先对华文的禁令，为中医药的发展创造了良好的环境。
各有关部门表现出积极的态度，着力推动中医药的发展。
近日，卫生部召集一些中医方面的专家，讨论改进中医师行医登记注册的相关事宜。
另外，卫生部还认为，中医（包括针灸）治病有科学依据，应从“巫医”中分离出来。
全国仅7家持有执照的中药店准许进口草药，而中药销售中，只有28%为正式注册商品，其余为走私和未注册的品种，很大程度上限制了中医药的普及和流通。
直到1997年爆发的经济危机、泥石流等自然灾害及连续不断的暴力冲突，造成全国购买力下降，
中医药以其显著的疗效和相对低廉价格，重新赢得印尼人民的依赖。
