印度尼西亚因与中国古代交往较早，中医药在印尼的发展年代也比较久远。
据史书记载，中国与印尼的交往始于东汉，距今已有近2000年历史。
到五代后唐时期，随着大批华裔移居印尼，中医中药逐渐此发展起来。尤其明朝郑和下西洋后，中医中药的技术被带到了印尼。
在发展中国家，80%的人口通过传统医药达到基本保健需求，而在亚洲该比例更高。
印尼属热带国家，草药资源十分丰富，华人的定居和对中医药的信任，使本地居民深受影响，
且中医药以其疗效显著、收费低廉，更是得到印尼当局的承认和重视。
随着人们生活水平的提高，健康和绿色产品已受到越来越多的人广泛关注，
印尼的地理位置和气候具有发展绿色草药产品的丰富资源，绿色草药成为一个朝阳产业，极具市场竞争力。
在印度尼西亚，最早发展中医药的是中药店及其驻诊中医师；或者是经营中药店的兼职中医师。二者在印尼各岛行医十分普遍。
在荷兰殖民统治时期，日本侵占时期，以及1945年印尼独立后直到1965年的二十年苏加诺总统的执政时期，政府基本上没有制定专门法令对中医药加以约束或管理，
中医药在印尼各地都能得以自由地发展。
