澳洲与印尼1999年东帝汶进行民意测验之后发生暴乱，自那时起，两国特种部队的合作中断。
    2002年，澳洲特种部队司令访问印尼，
    接着，澳洲陆军参谋长彼得．莱希于同年年底访问印尼，两国特种部队恢复合作。
    2002年10月峇厘发生爆炸案，伤亡者大部份是澳洲公民。
    澳方主动恢复两军合作关系。
    印度尼西亚特种部队也与泰国、新加坡常例进行联合演习。