中国和印尼都是重要的南海周边国家，在海洋领域有许多共同关注的话题，并开展了长期密切的合作。
    2010年11月9日，中国国家海洋局第三海洋研究所与印尼科学院海洋研究中心签署海洋科技合作备忘录。
    根据签订的合作协议，双方将在海洋生物多样性保护与生态系统管理、
    海洋环境保护与监测技术、海洋生物资源开发与利用等三个领域开展合作和交流，
    海洋三所还将为印尼科学院海洋研究中心提供上述相关领域的技术培训。
    双方同意在南中国海和印度洋联合开展海洋生态环境合作调查研究，
    印尼方将提供船只及后勤保障服务，中方将提供调查设备及包括船时在内的大部分调查经费。
    双方还就成立联合指导委员会、共同向相关国际组织和各自所在国政府相关管理部门
    申报合作项目和合作成果的知识产权等问题达成了一致意见。