受制于群岛格局，严重滞后且分布失衡的基础设施是印尼经济发展的最大瓶颈。
    目前，物流成本占到印尼GDP的23.5%。
    在集中了全国近65%的人口和近60%GDP的爪哇岛，
    有全国73.6%的铁路里程，全国58%的公路位于爪哇岛和苏门答腊岛。
    而在其他资源丰富但人口较少的岛屿，陆运能力不足阻碍了商品的流通。
    承载着印尼90%跨国货物贸易的海运基础设施同样问题重重。
    目前，印尼超过1700座港口中仅有11座是集装箱港口。
    2013年，位于爪哇岛的港口进口了全国73%的商品，
    而资源丰富的加里曼丹岛出口了全国69%的货物。
    过于集中的货运降低了印尼港口的效率，也推升了物流成本。
    在空运领域，多个国家机场也处于负荷过度的状态。
    截至2013年底，印尼仍有近20%的人口无法得到电力。
    全国近80%的电力生产和消费集中在爪哇岛，
    许多地区因电力不足时而遭遇停电或供电管制。