1987年菲南四省举行公投，获政府确认建立“棉兰老穆斯林自治区”，
    但因多项承诺未有落实，引发区内青年加入更激进的摩洛伊斯兰解放阵线或阿布萨耶夫等组织，冲突不绝。
    1996年菲律宾政府与摩洛民族解放阵线谈判停火，
    但双方冲动并未停止，阿布沙耶夫转到岛屿的丛林中展开游击战，
    袭击政府军和绑架旅游者，申明独立主张。
    2003年，菲律宾总统阿罗约的政府以反恐名义，加强扫荡摩洛兰。
    2006年，伊斯兰会议组织代表团抵达菲律宾斡旋，期望协助穆斯林与菲律宾政府维持10年前订定的停火协议。
    2012年4月26日，菲律宾政府与摩洛伊斯兰解放阵线的代表签署了一份文件，
    表示同意该组织在菲律宾南部地区成立一个新的政治实体，
    详细进程仍需要进一步谈判。