建校之初，全校仅有两个教学单位，即1908年成立的美术学院和农学院。
    1910年，菲律宾医科学校（成立于1907年）并入菲律宾大学，并于1923年扩大为医学院。
　　在建校后的头10年内，该校先后建成了医学系、工程学院、教育学院、音乐学院、法学院、文学系、兽医学系等7个院系，
    第二任校长是菲律宾人伊格纳西奥·比利亚莫尔（Ignacio Villamor）。
    他重视课程设置，希望建立一支在教学和科研领域均有竞争性的教师队伍，并逐步使他们菲律宾化。
　　菲律宾大学在第四任校长拉斐尔·帕尔马（Rafael Palma）执政期内（1923-1934年）发展较快。
    校长积极维护学术自由，但反对把大学办成与世隔绝的象牙塔。
　　1941年12月，菲律宾被日本占领，在第二次世界大战中，该校校舍遭到破坏，
    正常的教学活动受到极大影响，当时只有部分院系开课。