商总的组织机构严密，由董事会负责决策，现有董事三十九位，任期两年。常务理事会及理事会也参与决策。
其常务理事会职员包括：理事长、执行副理事长、六位副理事长、董事、委员会主任及副主任。
其主要职责是监督各委员会的工作情况，并协调董事会和理事会的工作。
理事会至少由二百七十四位理事组成，其中一百五十六位代表马尼拉区，全国十二个分区各有至少七位代表担任理事，任期均为两年，从出席商总代表大会的代表中推选。
商总设有十四个委员会，负责各有关方面的事务：外交委员会、工商委员会、工业关系(劳工)委员会、税务委员会、财经委员会、
福利委员会、调解委员会、农业委员会、组织委员会、文教委员会、青合委员会、新闻委员会、物业管理委员会、特别方案委员会。
每一委员会设一位主任、五位副主任，若干位委员及聘任委员。
