1945年6月，Bienvenido M Gonzalez再次当选为校长后（他曾于1939年起担任第六任校长，1943年被迫辞职），
    开始制定搬迁校址计划。
    1948年12月，即在校庆40周年时，设在马尼拉市的菲律宾大学除医学院和卫生研究所外，
    全部迁至大马尼拉市的另一个重要城镇奎松市的迪利曼。
　　1953年，该校根据克拉克空军基地（全国最大空军基地）的要求，共同设立菲律宾大学克拉克空军基地学院。
    现开设3个本科生专业和3个研究生专业。
　　1968年，菲律宾大学已拥有28个学院（分散在3个校园内）
    和5个地方性学院（其中碧瑶学院规模最大，自1961年重新组建后，先后开设9个本科专业和两个硕士学位专业）。
　　1972年11月20日，当时的共和国总统马科斯下令对菲律宾大学进行重大改组，旨在将该校办成全国一流大学，
    同时实施统一和分散相结合的管理体制，部分学术机构获得自主权。
    第十一任校长萨尔瓦多·P·洛佩斯（Salvador P Lopez）博士于1969年上任后积极推行民主协商制，
    扩大教学和科研设施，增加教职工薪金，建立助学金制度，学校规模进一步扩大。