日本Takenaka公司是受菲国际航站楼公司雇用在1998年承建该航站楼的总承包商。
    菲国际航站楼公司提交了递交了承建亚谨诺国际机场三号航站的标书，并且中标，
    而当时未获邀请，主动提交标书的亚洲腾龙公司（AEDC）并没有中标，该公司是有五名菲华人大班成立的。
    2004年12月大理院宣布，由于对原始合同繁琐的修改，菲国际航站楼公司和政府之间的建设-运营-移交合同无效。
    由于大理院的裁决，政府接管了该航站楼，并开始了征用诉讼，而这则导致了菲国际航站楼公司及其德国投资公司Fraport向当地和国际法庭提起诉讼。
    2005年12月，大理院裁决，如果政府想要接管该航站楼，那么则必须支付菲国际航站楼公司相应费用。
    岷里拉国际机场署在2006年3月31日准备对亚谨诺国际机场三号航站楼进行是运用，而就在试运营前四天，顶棚有一处塌陷了。