在马来西亚期间，李光耀由于和当时马来西亚联邦政府在种族权利分配上意见不合,

    李光耀主张以“马来西亚人的马来西亚”的民族平等方式来取代“土著优先”的保护土著政策。

    人民行动党与巫统的政治较量更在1964年7月及9月两次引发新加坡种族骚乱。

    最后，首相东姑阿都拉曼以避免局势恶化为由，在1965年8月7日要求新加坡退出马来西亚，

    于是，8月9日，以巫统为首的执政联盟在国会紧急通过修宪，解除新加坡与马来西亚的关系，使其成为独立的主权国家。