1999年7月7日国民议会以三分之二的多数票通过了新宪法。这是几内亚比绍1974年以来通过的第二部宪法。
宪法修正案规定，几比实行半总统制。总统是国家元首，总理、政府成员均由总统任命。总统每届任期5年，可连任1次。
总统、总理、议长等要职只能由父母均在几比出生的纯正几比血统公民担任。
根据新宪法，共和国总统、国民议会议长、政府总理以及最高法院院长和武装部队总参谋长等国家重要职务必须由纯几内亚比绍血统的人担任。
总统的任期为5年，只能连任一次。
由于以马内为首的军人继续干政，几比局势曾数度紧张。2000年11月，马内扬言对政府动武，战事一触即发，但最终多数将领倒戈支持亚拉政权，马内被击毙。
2001年1月23日，因亚拉总统未与抵运协商即宣布改组政府，抵运党籍政府成员集体辞职。
后两党谈判未果，抵运遂宣布成为反对党，执政联盟破裂。
此后，亚拉总统多次改组政府，并于2002年11月15日以时局不利于国家稳定和发展、议员进行颠覆和背叛国家的活动为由解散议会，宣布将在三个月内举行立法选举。
根据宪法，政府随之自动下台。11月16日，亚拉总统任命马里奥·皮雷斯为看守政府总理，并于18日组成看守政府。
但由于资金短缺等问题，立法选举一直未能如期举行。
