19世纪50年代法国殖民者开始入侵。
80年代，哈吉·奥马尔和阿赫马杜·塞古父子领导马里人民进行抗法战争，狙击沿塞内加尔河向内地侵略的法国殖民军。
90年代法国殖民军相继攻占巴马科（1883）、塞古（1890）、杰内（1893）、廷巴克图等地。
20世纪初马里全境被法军占领，但北方的抗法斗争一直持续到1916年才结束。
殖民统治时期，马里称为苏丹，曾是法属上塞内加尔－尼日尔领地、法属西非联邦的一个组成部分。
20世纪30年代，法国为使马里成为原料的供应地，设立了尼日尔局，大力推广棉花和花生种植。
