尼日利亚曾长期支持南非人民反对种族隔离制度的斗争。两国于1994年建交。
    1995年尼阿巴查军政府处决人权活动分子萨罗-维瓦后，南非总统曼德拉呼吁对尼制裁。
    1999年两国成立双边合作委员会，确定两国副总统会晤机制化。
    2008年6月，亚拉杜瓦总统赴南非出席世界经济论坛会议。2009年5月，亚拉杜瓦总统赴南非出席当选总统祖马的就职典礼。
    2010年6月，乔纳森总统赴南非出席足球世界杯开幕式。
    2011年5月，南非总统祖马出席乔纳森总统就职典礼；12月，祖马总统访尼。
    2012年4月，两国副总统共同出席尼南双边委员会会议；
    6月，尼副总统桑博访南。