1960年11月28日建交。1989年8月，两国因边民冲突酿成大规模相互驱赶侨民事件而断交。
1992年4月，两国复交，此后双边合作发展顺利，影响两国关系的难民问题逐步得到解决。滞留在塞境内的毛塔难民尚有6万多人。
瓦德总统分别于2000年、2003年和2006年3次访毛塔。
毛塔历届领导人均曾访塞，总统塔亚，军委会主席瓦尔，总统阿卜杜拉希分别于2005年、2006年和2007年访塞。
2009年，瓦德总统两度赴毛塔调解其宪政危机。
6月，在非盟和瓦德的主持下，毛塔三大政治派别在达喀尔草签协议，就成立过渡联合政府等问题达成一致，结束了为期近1年的宪政危机。
2010年4月，毛塔总统阿齐兹出席塞独立50周年庆典。2011年7月，塞总理恩迪亚耶访问毛塔。
2012年7月，塞外长西塞访问毛塔。9月，萨勒总统对毛塔进行首次国事访问。
2013年2月，第11届塞、毛塔双边合作混委会在努瓦克肖特举行。7月，塞、毛塔边境部队开始在塞内加尔河上执行联合巡逻，以应对恐怖主义威胁。
9月，阿齐兹总统访塞，两国在能源、基础设施、地区安全等领域达成多项合作协议。
