2003年非典型性肺炎暴发，双方在应对非典疫情中开始在卫生领域的正式合作。

    目前中国同东盟建立了卫生部长会议、高官会议机制，取得丰富的合作成果。

    首届中国—东盟卫生部长会议于2006年6月在缅甸仰光举行。

    此次会议确定中国—东盟卫生部长会议每两年举办一次，在部长会议之前举行高官会议。

    中国与东盟国家也确立了卫生领域的国家联络人。迄今已举行三届中国—东盟卫生部长会议。

　　传染病防控：2006年10月，在北京举办中国—东盟艾滋病实验室网络培训班，为东盟培训艾滋病实验室网络技术人员20人。

    2006年11月，在北京举办中国—东盟传统医药防治艾滋病研讨会。

　　2007年，卫生部在北京举办了中国—东盟人感染高致病性禽流感防控进展研讨会。

    2007年10月至11月，在北京举办两期人禽流感实验室诊断技术培训班，培训了东盟9国共18名人禽流感实验室诊断技术人员。

　　2008年6月起，东盟与中日韩传染病信息通报网站正式开通，实现了中国与东盟国家在新发传染病领域的疫情信息共享，促进各国传染病控制工作更好开展。

　　2009年5月，东盟与中日韩应对甲型H1N1流感卫生部部长特别会议在泰国曼谷召开。

    在此次会议上，中方提出由中国为东盟国家培训甲型H1N1流感病毒实验室检测技术，并向东盟国家提供用于科学研究的诊断参考试剂。

    传统医药合作：2008年10月，在北京举办中国—东盟传统医药规范化实践研讨会。

    2010年8月，在北京举办中国—东盟中医优势与传统医药发展研讨会。

    2011年，中方组织了中医保健东盟行活动。

　　口腔医学合作：2008年11月，中国—东盟口腔医学交流论坛在南宁举办，

    为中国以及东盟各国开展口腔医学教育、学术交流、专业培训等方面的合作搭建了平台。