自由贸易区的种种优惠并非自动给予企业，出口到新加坡和东盟十国的商品，需根据自由贸易协定，提交原产地证，经进口国海关确认后，才能享受协定下的优惠关税。

    截至2009年11月，国家质量监督检验检疫总局组织各地检验检疫机构签发中国-东盟自由贸易区原产地证书68.2万份，签证金额为169.83亿美元，货物享受优惠关税约10.2亿美元。但测算下来，中国企业享受中国-东盟自贸区关税优惠政策的产品仅占全部贸易量的1%左右，中国出口商品并没有充分享受中国-东盟自贸区优惠政策。就连处于东盟自贸区前沿的云南省，同样存在此类问题。

    据统计，2006年、2007年、2008年，云南省申请签发原产地证书的出口商品货值占全省出口东盟商品总货值的比例仅分别为2.7%、2.4%、3.5%；2009年前10个月，云南出口东盟商品货值为15.96亿美元，申请签发原产地证书的货值仅0.88亿美元，仅占出口东盟成员国总货值的5.5%。

    中国-新加坡自贸区协议对中国企业是从2009年1月1日生效，从福建的情况来看，开出第一笔中新原产地证书的时间却是在当年的12月。据广西检验检疫局相关负责人介绍，中国出口至东盟各国享受关税优惠的原产货物必须取得中国签发的原产地证书。

    由于部分企业对原产地证书不很了解，还不清楚原产地证书可享受优惠关税、减少企业成本、扩大出口的功能，申领原产地证书的热情不够高。许多出口企业错失了本应享受到的关税优惠待遇。如梧州传统特色的人造宝石、显微镜、中药材、钛白粉、龟苓膏、松香及酯胶等传统特色产品，这些产品凭优惠原产地证书一般可享受货值5%-8%的减税待遇，但由于企业未向检验检疫部门申领原产地证书，因此也就无法享受区域性贸易国家给予的优惠关税。

　　中国-东盟自贸区和中国-新加坡自贸区原产地规则采用不同判定标准，申领原产地证的手续也不同。

　　中国—东盟自贸区原产地规则规定，为判定一产品属原产于中国—东盟自贸区的非完全获得产品，该产品中原产于中国—东盟自贸区的成分占其总价值的比例不应少于40%（这部分价值被称为“中国—东盟自贸区成分”），这一判定方法也被称为“直接判定”。在直接判定有困难的情况下，也可采用“间接判定”的方法，即非中国—东盟自贸区成分占制成品总价值（离岸价格）的比例不应超过60%。此外，非完全获得产品的最终生产工序应在中国—东盟自贸区缔约方的境内完成。

　　中国-新加坡自贸区的关税减让进程比中国-东盟自贸区快，税收减让幅度更大。但中国-新加坡自贸区只是一个双边协定，也就是说，从中国出口新加坡的商品要享受关税优惠，需含40%以上的中国人力及材料成本在内。该判定标准比中国-东盟自贸区原产地规则的判定标准严格。所以要享受关税优惠的企业需先核查自身产品的区域增值是基于中国一地还是涉及东盟国家，而不仅仅考虑哪个自贸区协定下享受的关税优惠更大。