“祝由”一说，从现存典籍来看，最早见于《黄帝内经》中的《素问》和《灵枢》。
    据这两本书的描述和“祝由”一词的本义，“祝”是指“祝祷”，多半是由“巫”来承担的，
    因为“巫”和“祝”在古代基本上具有同样内涵。“由”则指病因、病由。
    因此“祝由”就是根据病因之所在，用祝祷去治病的方法。
    《素问》说它是一种“古之治病”的方法，是通过“移精变气”的手段来达到其去除病因的目的。
    由此可知，“祝祷”只是人们可以目睹的表面形式，
    真正实质性的除病过程是在超越感观以外的“移精变气”中去进行的。
    又据《灵枢》，祝由这种治病方法，自来就善治那种突如其来、既无外因又无内因的怪病。
    这种病一般人都归于鬼神所为，因此由巫来祝祷就是理所当然的了。
    但歧伯认为，其中也有病邪留在体内“未发”，一旦病者心中情志波动，“血气内乱”、正邪“两气相搏”而成病的。
    由于这种病的病因(物质结构)极其微细，“视之不见、听而不闻”，因此就像鬼神引起的一样。
    当黄帝问为甚么可以祝祷而治愈时，歧伯回答说，古代那些巫，
    由于知道各种疾病的克制方法，又预先看到病是从哪里来的，因此用祝祷来治疗就能奏效。
    明代的最高医疗管理和教育机构是“太医院”。
    太医院中设有十三科：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、金镞、按摩、祝由。
    因祝由科排在十三科之末，所以有“祝由十三科”之称。
    到了清初，太医院的科别设置减为十一科，祝由科被排斥出了太医院。