战后，因与东条对立被免于战犯起诉的石原，
    成为远东国际军事法庭的重要证人。
    检察官曾到石原养病的医院听取了证词，
    但石原只是指责了在他眼中“毁了国家”的东条英机和梅津美治郎等人，
    但对其他的军方将领则给予了辩护。
    石原也以证人的身份出席了远东国际军事法庭，
    当庭回答了检察官的问题并且作出了自己的陈述，
    包括批判了麦克阿瑟和杜鲁门对日本本土实施的大规模轰炸，
    也为自己这个“九一八事变”主谋没当上战犯而愤愤不平。
    东京大审判的出庭做证，成为石原莞尔最后的谢幕。
    在生命最后的阶段，他发表了“我们的世界观笔记”和“新日本的出路”，
    提出了让日本“放弃战争”的理念，并提出建设“不要战争的文明”等主张。
    同时给驻日盟军总司令的信中提出了“超阶级的政治”等观念，
    包括“过去的政治是为阶级利益的政治”而“超阶级政治”只是“为了理想”。
    1949年8月15日，日本投降４周年纪念日当天，
    石原莞尔在日本山形县的家中，
    口述完名为《新日本的进路》的遗书后，
    死于膀胱癌引起的尿毒症，终年60岁。