1937年“卢沟桥事变”爆发，围绕着是否对华全面开战，
    石原与东条英机爆发了冲突。
    时任关东军参谋部作战部部长的石原，主张为对苏联战争作准备，
    反对把对华战线再扩大，不支持在中国战线上投入那么多的物资和人力。
    而同时期的武藤章参谋一度嘲讽了石原的政策，
    说到“我只不过是模仿石原阁下当时在满洲事变中的作法而已”。
    石原随后不断强调自己的“不扩大方针”，
    并积极参与了德国驻华大使陶德曼主持的中日停战调解等工作，
    和当时的关东军参谋长东条英机的规划形成了强烈的对立。
    在同年9月参谋本部的机构改革中，石原从参谋部部长被降职为关东军的参谋副长。
    1938年，与东条英机的对立进一步加深，
    石原常常直呼东条为“东条上等兵”和“白痴”，被罢免了参谋副长的职位，
    １２月５日被任命为京都府舞鹤市舞鹤要塞的司令官。
    1939年，任留守的陆军第１６师团师团长。
    1941年３月退出现役，转入预备役，
    此后则主要活跃于教育评论，写作和演讲等活动。