清代第二阶段的改革，主要发生于第三代领导核心雍正的治下。
开国百年后的这一轮改革，焦点不再如第一阶段那般涉及政权合法性的建设，
而是集中在完善和改良政治体制与经济体制的“技术”层面上。
在政治体制改革方面，最大的举措，
一是改革了接班人制度，将延续千年的嫡长子公开立储制度，改成了秘密建储制；
二是建立了军机处，并在实际上取代了内阁，成为最高行政机构。
对于秘密建储制，康熙晚年实际上已经开始考量，
其64岁那年（1717年，康熙五十六年），在乾清宫东暖阁带病召开了“诸皇子，
及满汉大学士、学士、九卿、詹事科道等”参加的中央全会，
近乎明确地宣告将进行秘密立储，
以确保在确立接班人的同时、接班人不至于挑战现有领导核心的权威。
但是，康熙并未设定非常时刻的信息发布程序，
这一操作细节上的疏漏，令其在弥留之际的“仓猝之间”，根本难以有效发布接班人信息，
这导致了对雍正即位合法性的种种猜疑。
雍正即位当年（1723年），最先关注的就是这个问题。
他在乾清宫西暖阁召开会议，正式宣示推行秘密建储制，
这既是其担忧自身地位的一种自保，也是对康熙首倡秘密建储制的完善——
操作细节上的漏洞得到了弥补，秘密建储的方式、非常时期接班人信息发布程序，
都做了预案，并进行了公告。
