杰斐逊认为，宗教不仅仅是内心相信主的存在，真正的宗教乃是道德：
    教会人士，会用欺骗的手法把注入到习惯法中，
    宗教是个人内存的，与上帝的私事，不容外界势力的干预，包括教会，政府；
    它相信在人与社会的后面，有一个正义的上帝，他靠道德法律进行统治，
    激励我们感受别人的苦难并义无反顾的进行救助；
    社会不由这些有道德的人组成，它将无法进行下去，比地狱都不如。
    美国的第一修正案，宗教自由法案就是源头
    禁止美国国会制订任何法律以确立国教；妨碍宗教信仰自由；
    剥夺言论自由；侵犯新闻自由与集会自由；干扰或禁止向政府请愿的权利。
    该修正案于1791年12月15日获得通过，是美国权利法案中的一部份。
    这才是真正的政教分离开始，超越了宗教神学的界限，赋予了宗教积极的意义。